例として表示するクエリは次のとおりです。
SELECT * FROM temp WHERE mydate > '2009-06-29 16:00:44';
04:00:00は午前4時なので、表示するすべての結果は後になります。 それは正しいです。
午後4時以降にすべてを表示する場合は、クエリで正しい（24時間）表記を使用する必要があります。
物事をもう少し明確にするために、これを試してください：
SELECT mydate, DATE_FORMAT(mydate, '%r') FROM temp;
日付と12時間の時刻が表示されます。