SQLAlchemyを使用して2つのデータベースのテーブルを結合する

MySQLでは、データベースはスキーマと同義です。たとえば、Postgresqlでデータベース内の複数のスキーマ間でクエリを実行できますが、データベース間で（直接）クエリを実行することはできませんが、MySQLでは2つのデータベースに区別がないため、複数のデータベース間でクエリを実行できます。

この観点から、MySQLでのマルチデータベースクエリに対する可能な解決策は、単一のエンジン、セッション、およびBaseを使用して両方のスキーマを処理し、schema キーワード引数テーブルに追加するか、両方のスキーマを反映して完全に修飾します。

私はあなたのデータを持っていないので、sopythonとsopython2というテストサーバー上に2つのスキーマ（MySQLデータベース）を作成しました：

mysql> create database sopython;
Query OK, 1 row affected (0,00 sec)

mysql> create database sopython2;
Query OK, 1 row affected (0,00 sec)

それぞれにテーブルを追加しました：

mysql> use sopython
Database changed
mysql> create table foo (foo_id integer not null auto_increment primary key, name text);
Query OK, 0 rows affected (0,05 sec)

mysql> insert into foo (name) values ('heh');
Query OK, 1 row affected (0,01 sec)

mysql> use sopython2
Database changed
mysql> create table bar (bar_id integer not null auto_increment primary key, foo_id integer, foreign key (foo_id) references `sopython`.`foo` (foo_id)) engine=InnoDB;
Query OK, 0 rows affected (0,07 sec)

mysql> insert into bar (foo_id) values (1);
Query OK, 1 row affected (0,01 sec)

Pythonの場合：

In [1]: from sqlalchemy import create_engine

In [2]: from sqlalchemy.orm import sessionmaker

In [3]: from sqlalchemy.ext.automap import automap_base

In [4]: Session = sessionmaker()

In [5]: Base = automap_base()

デフォルトで使用するスキーマ（データベース）を指定せずにエンジンを作成します：

In [6]: engine = create_engine('mysql+pymysql://user:[email protected]:6603/')

In [7]: Base.prepare(engine, reflect=True, schema='sopython')

In [8]: Base.prepare(engine, reflect=True, schema='sopython2')
/home/user/SO/lib/python3.5/site-packages/sqlalchemy/ext/declarative/clsregistry.py:120: SAWarning: This declarative base already contains a class with the same class name and module name as sqlalchemy.ext.automap.foo, and will be replaced in the string-lookup table.
  item.__name__

警告は私が完全には理解していないものであり、おそらく2つのテーブル間の外部キー参照がfooの再反映を引き起こした結果ですが、問題は発生していないようです。

警告は、prepare()への2回目の呼び出しの結果です。最初の呼び出しに反映されたテーブルのクラスを再作成して置き換えます。それをすべて回避する方法は、最初にメタデータを使用して両方のスキーマのテーブルを反映し、次に準備することです。

Base.metadata.reflect(engine, schema='sopython')
Base.metadata.reflect(engine, schema='sopython2')
Base.prepare()

この後、fooとbarの結合をクエリできます：

In [9]: Base.metadata.bind = engine

In [10]: session = Session()

In [11]: query = session.query(Base.classes.bar).\
    ...:     join(Base.classes.foo).\
    ...:     filter(Base.classes.foo.name == 'heh')

In [12]: print(query)
SELECT sopython2.bar.bar_id AS sopython2_bar_bar_id, sopython2.bar.foo_id AS sopython2_bar_foo_id 
FROM sopython2.bar INNER JOIN sopython.foo ON sopython.foo.foo_id = sopython2.bar.foo_id 
WHERE sopython.foo.name = %(name_1)s

In [13]: query.all()
Out[13]: [<sqlalchemy.ext.automap.bar at 0x7ff1ed7eee10>]

In [14]: _[0]
Out[14]: <sqlalchemy.ext.automap.bar at 0x7ff1ed7eee10>

In [15]: _.foo
Out[15]: <sqlalchemy.ext.automap.foo at 0x7ff1ed7f09b0>