ランダムな時間に非常に長いクエリ終了ステップ

追加することで解決した問題

innodb_flush_log_at_trx_commit = 0

/etc/my.cnf

複数のスレッドが同時にファイルを書き込みたい場合、連動の問題があります。これにより、ログが毎秒フラッシュされます。