このような問題に対する最善の答えは、以下のリンクにあると思います SETフィールドから値を削除する最良の方法は?
クエリは、、valueまたはvalue、またはコンマ区切りの列の値のみをカバーする次のようにする必要があります
UPDATE yourtable SET categories = TRIM(BOTH ',' FROM REPLACE(CONCAT(',', col, ','), ',2,', ',')) WHERE FIND_IN_SET('2', categories)
ここでは、where句に条件を含めることができます。詳細については、上記のリンクを参照してください。