1対多の関係を維持する場合の制約違反

これを変更します：

@OneToMany(mappedBy = "providertype")
private Set<HL7DocumentEntity> documententities;

これに：

@OneToMany(fetch = FetchType.LAZY)
@JoinTable(name = "Link_Documents", joinColumns = {@JoinColumn(name = "codePk", unique = true)}, inverseJoinColumns = {@JoinColumn(name = "change_this_with_primary_key_variable_name_from_HL7DocumentEntity")})
 private Set<HL7DocumentEntity> documententities;

また、HL7DocumentEntityでは次のように変更します。

これ

@ManyToOne
    @JoinColumns({ @JoinColumn(name = "ptcode", referencedColumnName = "code"),
        @JoinColumn(name = "ptcodesystem", referencedColumnName = "codesystem")
    })
    private HL7GeneralCode providertype;

これに変更：

@ManyToOne(fetch = FetchType.LAZY)
  @JoinTable(name = "Link_Documents", joinColumns = {@JoinColumn(name = "change_this_with_primary_key_variable_name_from_HL7DocumentEntity")}, inverseJoinColumns = {@JoinColumn(name = "codePk")})
  private HL7GeneralCode providertype;

BaseEntityの場合と同様に、「change_this_with_primary_key_variable_name_from_HL7DocumentEntity」を「id」に変更する必要があると思いますが、SQLテーブルを見ると、正しい名前が表示されます。

2つのテーブルをリンクするために同じ「Link_Documents」テーブルを使用するようにJPAに指示した方法に気付くと思います。これはあなたの間違いだったと思います。正しい変数名で言った場所を変更してください。うまくいくはずです