Python：ValueError：インデックス1でサポートされていないフォーマット文字'''（0x27）

Pythonが％をprintfのようなフォーマット文字として解釈しているようです。 %%を使用してみますか？

"SELECT fileid 
FROM files 
WHERE description LIKE '%%%s%%' 
    OR filename LIKE '%%%s%%' 
    OR uploader LIKE '%%%s%%' 
    ORDER BY fileid DESC" % (search, search, search)