パーティショニング を開始することをお勧めします IDまたは日付によるテーブル。パーティショニングは、定義されたロジック（日付範囲による分割など）に従って大きなテーブルをいくつかの小さなテーブルに分割します。これにより、パフォーマンスとメモリの面ではるかに管理しやすくなります。 MySQL 5.1にはこの機能が組み込まれていますが、カスタムソリューションを使用して実装することもできます。
フラットファイルにストレージを実装すると、データベースのすべての利点が失われます。つまり、データに関連するクエリを実行できなくなります。