カンマで区切られた部門IDをそれぞれの名前に置き換えるにはどうすればよいですか？

データをコンマ区切り値として保存することは避け、正規化に従う必要があります。

ただし、この場合は

select 
e.id , 
e.name , 
group_concat(d.name) from employee e 
left join department d on find_in_set(d.id,e.department) 
group by e.id ;