グループのmysqlを使用した合計行のパーセンテージを取得するにはどうすればよいですか？

はい、できます：

select num, string, 100 * num / total as percent
from (
    select count(*) as num, string
    from useragent_ip
    left join useragents on useragent_id = useragents.id
    group by useragent_id) x
cross join (
    select count(*) as total
    from useragent_ip
    left join useragents on useragent_id = useragents.id) y
order by num desc, string;

having num > 2を削除しました 、意味がないようだったからです。