エラーを回避するためにこのクエリを書き直すにはどうすればよいですか：FROM句で更新するターゲットテーブルを指定することはできません

それを派生テーブルに入れます。 これは一時テーブルに具体化され、制限を回避します 。

update websites
set    master = 2
where  url in (select url
               from   (select url
                       from   websites
                       where  id = 12) t);