ALTERIGNORETABLEでのMySQL重複エラー

INNODBを使用しているからです

簡単なトリック：

set session old_alter_table=1;
ALTER IGNORE TABLE `user_server`  
ADD UNIQUE INDEX (`user_id`, `server_id`);
set session old_alter_table=0;

これで仕事ができます