コードは正しく見えます。
ec2のセキュリティグループが3306アウトバウンドを許可し、データベースのセキュリティグループが3306インバウンドを許可していることを確認します。それらが異なるサブネットにある場合は、NACLも確認する必要がある場合があります。
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ec2のセキュリティグループが3306アウトバウンドを許可し、データベースのセキュリティグループが3306インバウンドを許可していることを確認します。それらが異なるサブネットにある場合は、NACLも確認する必要がある場合があります。