Waitは、mysql / phpが遅いとは言いません。waitは、必要なすべてのリソースがロードされるまでブラウザが待機すると言います。
Webサイトを高速化するためのベストプラクティス をお読みください 中には良いヒントがあります。
仮想マシンのi/o速度が良くない場合もあります。また、Webサーバーがブラウザからの接続を1つしか許可しない場合もあります。サーバーで何が起こっているかを分析する必要があります。
データをキャッシュしてみてください。コンテンツをキャッシュしてみてください。