Hibernateでソフト削除を実現する最良の方法は、クラスで@SQLDeleteアノテーションを使用することです。
マッピングがカスケード削除に設定されていることを確認してください
session.delete(yourClass)を呼び出すと、ソフト削除が実現するはずです
//used to overide the normal delete behavior
@SQLDelete(sql="UPDATE (table_name) SET deleted = '1' WHERE id = ?")
//optional Use this to exclude deleted element from get
@Where(clause="deleted <> '1'")
//OR (Filter may also be used if you need to load deleted items occasionally)
@FilterDef(name="ProductFilter",defaultCondition="deleted <> 1 ")