列ベースのデータベースを利用してみることができます。これらの種類のデータベースは、説明している種類の分析クエリではるかに優れています。いくつかのオプションがあります：
http://en.wikipedia.org/wiki/Column-Oriented_DBMS
InfiniDBで良い経験をしました：
インフォブライトも良さそうです：
InfiniDBとInfobrightの両方に無料のオープンソースコミュニティエディションがあるので、これらを使用して、得られる可能性のあるパフォーマンス上の利点の種類に関するベンチマークを取得することをお勧めします。
パフォーマンスを向上させるために、データのパーティション化も検討することをお勧めします。