重複キーの更新時に自動インクリメントIDが更新されないようにするにはどうすればよいですか？

主キーをID列にしてから、一意のキーとして（Fruit、Color）を設定する必要があります。次に、以下の@AndrewBAntonyによって提供されるクエリを実行できます。

INSERT INTO table (Fruit, Color) VALUES
    Apple, Red)
ON DUPLICATE KEY UPDATE 
Fruit=values(Fruit),
Color=values (Color)