Mysqlのアップグレード後、MySQLのクエリが大幅に遅くなりました

突然実行速度が遅くなる理由はわかりませんが、結合に変換することをお勧めします。これにより、パフォーマンスが向上するはずです。

SELECT t.*
FROM temp_company t
LEFT JOIN company c ON c.number = t.number
WHERE c.number is null

これは、not in (...)に取り組むためのかなり標準的な方法です。 結合を介して機能します。外部結合はしないため、機能します。 一致すると、結合されたテーブルの列にnullが含まれます。