いいえ、現在のバージョン（5.2.10ベータ版）はそれをサポートしていません。
ただし、ファイル形式は独自のものではなく、単純なzipアーカイブです。これには、完全なデータベースモデルである単一のXMLドキュメントが含まれています。 このSOの質問
を書きました あなたが持っているように見えるのと同じ目標で数ヶ月前。 svn diff model.mwbを実行できるようにしたかった
そこで得た答えは、ファイルをdiffツールに渡す前にファイルを解凍する小さなスクリプトを作成するのに役立ちました。それはきちんと機能しました、そしてあなたが興味を持っているなら私はそれをどこかに投稿することができます。
また、ごく最近、Workbenchフォーラムでスレッドを開始しました この問題について。うまくいけば、開発チームの誰かがこれについてもう少し情報を提供できるでしょう。
編集：現在、 MySQL Bug＃51203 によって追跡されています。 6.0を目標としています。