同じテーブルで異なる値を持つ複数の重複を更新するにはどうすればよいですか？

これが非常に効率的かどうかはわかりませんが、1つのクエリで機能します ：

UPDATE t
JOIN (
  SELECT MAX(t.id) AS maxid, lat, lon
  FROM t
  JOIN t AS duplicates
  USING (lat, lon)
  GROUP BY lat, lon
  HAVING COUNT(*) > 1
) AS maxima USING (lat, lon)
SET flag = IF(id = maxid, 1, 2);