別のテーブルのIDが存在する場合にのみ行を挿入します

INSERT INTO your_id_table (ID) 
SELECT ID FROM my_system_table WHERE ID IN (list_of_ids)

明確になっていることを願っています。これにより、チェックをまったく行う必要がなくなり、クエリを実行するだけで完了します。