デフォルトのMySQL値で計算を実行する

いいえ。DEFAULT句の値は定数でなければなりません。 （このルールの1つの例外は、CURRENT_TIMESTAMPの使用です。 TIMESTAMPのデフォルト値として 列。）

別の方法として、TRIGGERを使用して、行が挿入または更新されたときに列の値を設定できます。

たとえば、BEFORE INSERT FOR EACH ROWトリガー内で、他の列に指定された値から計算を実行したり、他のテーブルからデータをクエリしたりできます。

編集

質問の編集で与えられた例の場合、トリガー定義の開始点の例：

CREATE TRIGGER mytable_bi 
BEFORE INSERT ON mytable 
FOR EACH ROW
BEGIN
  SET NEW.percentage = (100.0 * NEW.marks) / NULLIF(NEW.total_marks,0);
END