INSERTにSELECTの結果を入力します

$username = mysql_real_escape_string($_POST['username']);
$pass = mysql_real_escape_string($_POST['password']);
$query = "SELECT `pid` FROM `payid` INNER JOIN `user` ON `user`.`uid` = `payid`.`uid` WHERE `user`.`username` = '".$username."' AND `user`.`password` = '".$pass."'";
    $result = mysql_query($query);

列名をバッククォートでラップすることをお勧めします。 PHP変数をクエリに入れるときは、一重引用符を開いてから、二重引用符で連結します。