私は次のデザインを提案したいと思います(あなたのデザインとよく似ています):
まず、3つのテーブルがあります
USER -- UserId, other fields
COMPANY -- CompanyId, other fields
PHONE -- PhoneId, PhoneNumber
次に、リレーションを格納するための2つのテーブルがあります
COMPANY_PHONE -- CompanyId, PhoneId
USER_PHONE -- UserId, PhoneId