md5-ied user_idが更新クエリに渡されているとは思いません。なぜなら、条件の内部にタスクを実行しているmd5()関数がなく、データベース内に値がどのように格納されているかを確認する必要があるためです。 ied user_idまたは通常のuser_id? md5 user_idの場合は、次のように試してください
if(isset($_GET['user'])){
$id = $_GET['user'];
$id = md5($id);
$sql = "UPDATE request SET email_verification=1 WHERE Id='$id'";
$result = $conn->query($sql);
if ($result === TRUE) {
header('Location: index.php');
}
else {
echo "Error updating record: " . $conn->error;
}
}