私があなたを正しく理解しているとき、あなたが探しているのはこれです：
cur.execute(""" INSERT INTO logs (1, 2, 3) VALUES (%s, %s, %s) ON DUPLICATE KEY UPDATE 1=%s, 3=%s """, (line[0], line[1], line[2], line[0], line[2]))
重複して挿入 も確認してください 。
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