MYSQL、PHP、またはRのmysqlデータベースから共起行列を作成する

自己参加をグループ化する：

SELECT   a.uid a, b.uid b, COUNT(*) cnt
FROM     my_table a JOIN my_table b ON b.id = a.id AND b.uid > a.uid
GROUP BY a.uid, b.uid

sqlfiddle でご覧ください 。