キー名が異なる2つのアレイを比較する

片方または両方のフィールドにエイリアスを付けて、キーごとに一致させます。

$sql1 = "SELECT modname AS module FROM users_modules WHERE email='$email'";

これで、moduleのキーがあります modnameではなく 。

array_diffを使用できます 配列が類似している限り、配列間の違いを見つけることができます。あなたの場合、これは2番目のDBクエリから他の2つのキーを削除することになります。

例：

$sql1 = "SELECT modname AS module FROM users_modules WHERE email='$email'";
$result1 = $conn->query($sql1);
while ($row = $result1->fetch_assoc()){
   $indMods[] = $row;
}

$sql2 = "SELECT module FROM modules WHERE level = '$level'";
$result2 = $conn->query($sql2);
while ($row2 = $result2 -> fetch_assoc()){
   $allMods[] = $row2;
}

$difference = array_diff($indMods, $allMods);

PHPのarray_diffのドキュメント ： http://php.net/manual/en/function.array- diff.php

これを行うには多くの方法があることに注意してください。これは1つだけです。