MySQLの更新ステートメントは最初の行にのみ一致します

質問の更新に基づいて、次のように行うことができます

UPDATE t1 JOIN
(
  SELECT id, GROUP_CONCAT(DISTINCT value ORDER BY value) value
    FROM t2
   GROUP BY id
) q
    ON t1.id = q.id
   SET t1.value = q.value

結果：

+------+-------+
| id   | value |
+------+-------+
|    1 | 1,2,3 |
+------+-------+

こちらがSQLFiddle です。 デモ

更新： あなたの質問を再び変えたあなたのコメントに基づいています。 t1で区切られた値の文字列を更新できるようにするため t2の値に基づく t1.valueを分割するには、numbers（tally）テーブルの助けが必要です。 その場で。このようなテーブルを簡単に作成できます

CREATE TABLE tally(n INT NOT NULL PRIMARY KEY);

INSERT INTO tally (n)
SELECT a.N + b.N * 10 + 1 n
 FROM 
(SELECT 0 AS N UNION ALL SELECT 1 UNION ALL SELECT 2 UNION ALL SELECT 3 UNION ALL SELECT 4 UNION ALL SELECT 5 UNION ALL SELECT 6 UNION ALL SELECT 7 UNION ALL SELECT 8 UNION ALL SELECT 9) a
,(SELECT 0 AS N UNION ALL SELECT 1 UNION ALL SELECT 2 UNION ALL SELECT 3 UNION ALL SELECT 4 UNION ALL SELECT 5 UNION ALL SELECT 6 UNION ALL SELECT 7 UNION ALL SELECT 8 UNION ALL SELECT 9) b
ORDER BY n

このスクリプトは、1から100までの一連の数値を含むテーブルを作成します。これにより、最大100個の区切られた値を効果的に分割できます。多かれ少なかれ必要な場合は、スクリプトを簡単に調整できます。

次に、t1.valueを更新します あなたができる

UPDATE t1 JOIN
(
  SELECT id, GROUP_CONCAT(value ORDER BY value) value
    FROM
  (
    SELECT id, SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(t1.value, ',', n.n), ',', -1) value
      FROM t1 CROSS JOIN tally n
     WHERE n.n <= 1 + (LENGTH(t1.value) - LENGTH(REPLACE(t1.value, ',', '')))
     UNION
    SELECT id, value
      FROM t2
  ) v
   GROUP BY id
) q
    ON t1.id = q.id
   SET t1.value = q.value

t1にあると仮定します

| ID | VALUE |
|----|-------|
|  1 |   1,4 |

更新の結果は次のようになります

| ID |   VALUE |
|----|---------|
|  1 | 1,2,3,4 |

これがSQLFiddle です。 デモ

長期的には、データベーススキーマを再検討し、データを正規化する方がよいと言われています。 。これにより、データの通常の保守とクエリが可能になり、大きな成果が得られます。