Laravel 5：ピボットを介して追加のフィールドを同期する

あなたは実際にはかなり近いです。必要な形式は次のとおりです。

[
    98 => ['company_id' => 129],
    99 => ['company_id' => 130],
    100 => ['company_id' => 131]
]

これにより、正しい配列が生成されます：

$extra = array_map(function($companyId){
    return ['company_id' => $companyId];
}, $allCompanyIds);

$data = array_combine($allPositionIds, $extra);

$user->positions()->sync($data);