MySQLは通常、インデックスを追加するとテーブル全体を再構築するため、既存のすべてのインデックスも再構築されます。これは遅くなる可能性があります。
唯一の例外は、InnoDBプラグインを使用してインデックスを追加することですが、そうではありません。
私の知る限り、インデックスを作成するときは常に全表スキャンを実行しますが、別のインデックスと同じ（またはサブセット）列を持つインデックスを追加する場合は、インデックススキャンを実行できます。このようなインデックスは通常、列の順序が異なる場合にのみ役立ちます。
ストックmysqlを使用すると、既存のインデックスも再構築されるため、インデックスが多いほど、新しいインデックスの作成に時間がかかります。
プラグインを使えば、違いはないと思います。
いずれにせよ、複数のインデックスを追加することを計画している場合は、一度に1つずつではなく、一度にすべてを追加する必要があります。