phpのJavaScript変数値にアクセスしてmysqlに保存します

サーバーへのPOSTリクエストを使用して、PHPスクリプトに値を送信する必要があります。これはAjaxリクエストで行うことができ、jQueryにはクロスブラウザーであるAjaxの組み込みメソッドがあると思います。