schema.rbを編集し、create_table呼び出しを変更して、次のようなフラグを含めることができます。
create_table(:suppliers, :options => 'ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8')
移行を作成するときは、それを移行に追加してみてください。 rake db:schema:dumpを実行したときにこれが続くかどうかはわかりません。テスト環境が開発環境を適切にコピーしていないように見えるという経験を考えると、そうではない可能性があります:(
create_tableオプションの詳細については、こちらをご覧ください:
http://api.rubyonrails.org/classes/ActiveRecord/ConnectionAdapters /SchemaStatements.html#M001901