私が報告したほとんどのベンチマークでは、MySQL拡張機能はMySQLiよりもわずかに高速です。違いはごくわずかですが、これはおそらく2つを決定するための基準にはならないはずです。
他の要因は、mysqlとmysqliのパフォーマンスの違いを小さくします。 mod_phpまたはFastCGI、APCのようなバイトコードキャッシュを使用するか、データベースのヒットを減らすためにデータキャッシュを慎重に使用することは、MySQL拡張機能の選択よりもPHPスクリプトの全体的なパフォーマンスにとってはるかに有益です。
ペニー賢くてポンドバカにならないでください！ :-)