SSMSで.sqlファイルを実行しようとしている場合は、これを試してください。
:r C:\Scripts\Script1.sql
:r C:\Scripts\Script2.sql
:r C:\Scripts\Script3.sql
...
注：これを実行するには、SQLコマンドモードをオンにします（[クエリ]> [SQLCMDモード]）
これらがかなり頻繁に実行するスクリプトである場合は、ストアドプロシージャにドロップして、そのように実行することを検討してください...
sqlcmd（より一般的だと思います）を使用して実行することもできます：
sqlcmd -S serverName\instanceName -i C:\Scripts\Script1.sql