複数のアプリケーションがデータの比較のみを試みている場合、これらはテーブルへの書き込みではないと考えられます。レコードのキャッシュも役立つはずです。また、残念ながらSQLサーバーが提供していないシャーディングと呼ばれる手法もあります。しかし、SQL Server にそのような機能を提供するライブラリが codeplex にあります。基本的に、データベースの負荷を分散しようとします。
私はそれをテストしていませんが、試してみる価値があります。必要に応じて、ここ http://enzosqlshard.codeplex.com/ で確認できます。