インストールにすべての構成ファイルを含めてから、環境変数を介して正しいファイルを指定するだけです。ソリューションのビルド構成に基づいて構成ファイルを切り替えたいと考えていることは承知していますが、より単純な代替手段が存在する場合、複雑なソリューションを検討することになります。
パッケージのインストール中に、マシンの環境変数をキーの下に設定するレジストリ情報を追加するのは非常に簡単です:
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Environment\MyVariable
...現在の環境の .dtsConfig のパスへ。