UPDATE で IF..ELSE を使用する (SQL Server 2005 および/または ACCESS 2007)

これでうまくいくはずです

update table_name
  set column_b = case
                  when column_a = 1 then 'Y'
                  else null
                 end,
  set column_c = case
                  when column_a = 2 then 'Y'
                  else null
                 end,
  set column_d = case
                  when column_a = 3 then 'Y'
                  else null
                 end
where
 conditions

問題は、なぜそれをしたいのかということです...データモデルを再考する必要があるかもしれません。 null を置き換えることができます