私の知る限り、一意のインデックスは異なるドキュメント間でのみ一意性を強制するため、重複キーエラーがスローされます:
db.cats.insert( { id: 123, kittens: [ { id: 456 } ] } )
db.cats.insert( { id: 123, kittens: [ { id: 456 } ] } )
ただし、これは許可されています:
db.cats.insert( { id: 123, kittens: [ { id: 456 }, { id: 456 } ] } )
Mongoレベルで必要な制約を適用する方法があるかどうかはわかりません。おそらく、更新を挿入するときにアプリケーションロジックで確認できるものでしょうか?