これは、新しいバージョンのC#mongoドライバー(2.4.0以降)で可能になりました。
たとえば、大文字と小文字を区別しないインデックスに対してクエリを実行するには、次のようにします。
IMongoCollection<SomeObject> someCollection;
var results = someCollection.Find<SomeObject>(x => x.name == someName,
new FindOptions() { Collation = new Collation("en", strength: CollationStrength.Secondary) } )
インデックスの機能を利用するには、インデックスの作成時に指定したものとまったく同じ照合パラメータをクエリで指定する必要があることに注意してください。