arrayFiltersでフィルターされた位置演算子を使用して更新を適用する方法

それは次のようになります：

WriteResult wr = getMongoTemplate().updateMulti(
  new Query(where("rates.rateCardId").is(1234)),
  new Update().set("rates.$[item].rate", 200),
  new UpdateOptions()
    .arrayFilters(
      Arrays.asList( Filters.in("item.rateCardId",Arrays.asList(1,2)) )
    ), 
  ProductRates.class
);

arrayFilters()を使用するには、基盤となるJavaドライバーが3.6.xバージョン以降であることを確認する必要があります。 UpdateOptions()の追加もサポートする可能性があります