MongoDBallowDiskUseが機能していません。

runコマンドで集約クエリを使用してください。allowDiskUseタグを使用できるようになります。

db.runCommand(
   { aggregate: "test",
     pipeline: [
                {$group: {_id: {email: "$email", gender: "$gender"}, cnt: {$sum: 1}}}, 
                {$group: {_id: "$_id.email", cnt: {$sum: 1}}}, 
                {$match: {cnt: 2}}
               ],
     allowDiskUse: true
   }
)