Mongoは最後のドキュメントを削除します

_idを使用できるはずです 回答に概説されているように、最後に挿入されたもので並べ替えるここ ：

db.coll.find().sort({_id:-1}).limit(100);

のように見えます ただし、標準のmongo削除操作で制限を使用することはサポートされていないため、次のようなものを使用して100個のドキュメントを削除できます。

for(i=0;i<100;i++) {
    db.coll.findAndModify({query :{}, sort: {"_id" : -1}, remove:true})
}

docs を参照してください findAndModifyの詳細については 。