私は、奇妙な複合オブジェクト内の参照に依存するのではなく、mongoの哲学に固執し、個別のセット/情報ごとに個別のエントリを作成する傾向があります。
6000万件のレコードは「たくさん」あり（実際には「トン」ではありません）、mongodbはたくさんの小さなものを投げかけるのが大好きです。反対に、大きなオブジェクトが少なくなり、同じくらいのスペースを占めることになります。
（*圧縮されたWired Tigerバックエンドを使用すると、ディスクもさらに拡張されます。）
**編集：1日の終わりに本当に本当にインデックスが必要なことも付け加えておきます。これは、このアプローチに対する別の投票です。