mongodbのインデックス付きフィールドを更新すると、それを使用するインデックス（または複数ある場合はインデックス）が更新されます。 「インデックスの再作成」は行いません。それほど高価なものではありません。事実上、古いエントリを削除して新しいエントリを挿入します。
このドキュメントには、mongodbインデックスに関するかなりの詳細が含まれています：
http://docs.mongodb.org/master/MongoDB-indexes-guide .pdf
ところで、mongodbが主キーとして使用する特別なフィールド_idが1つあることに注意してください
_idフィールドは更新できません。