ドット表記を使用して、サブドキュメントフィールドを参照できます
var doc = db.collection_name.find({"metadata.id":{$exists:true}})
ドット表記を使用して、サブドキュメントフィールドを参照できます
var doc = db.collection_name.find({"metadata.id":{$exists:true}})