DBMS_METADATA（およびSCHEMA_EXPORT）を使用してOracleSCHEMAをDDLスクリプトとして取得するにはどうすればよいですか。

観察ほどの答えではありません。制約に循環参照を含めることは技術的には可能です（ただし、実際にはおそらく巧妙です）。

create table blue (blue_id number primary key, val varchar2(10), red_id number);
create table red (red_id number primary key, val varchar2(10), blue_id number);

insert into blue values (1,'test',2);
insert into red values (2,'test',1);

alter table blue add constraint blue_fk foreign key (red_id) references red (red_id);
alter table red add constraint red_fk foreign key (blue_id) references blue (blue_id);

したがって、必ずしも達成可能であるとは限らないため、オブジェクトを依存関係の順序に並べる必要はないと彼らが判断したかどうかは理解できました。

そのため、テーブルの作成時に参照制約を除外し、すべてのテーブルが作成された後でそれらをALTERとして適用します。