同様の問題が発生し、実行中のスレッドをチェックすることで解決しました。実行中のスレッドを確認するには、mysqlコマンドラインインターフェイスで次のコマンドを使用します。
SHOW PROCESSLIST;
mysqlコマンドラインインターフェイスにアクセスできない場合は、phpMyAdminから送信することもできます。
これにより、対応するIDと実行時間のスレッドのリストが表示されるため、時間がかかりすぎるスレッドを強制終了できます。 phpMyAdminには、KILLを使用してスレッドを停止するためのボタンがあります。コマンドラインインターフェイスを使用している場合は、次の例のように、KILLコマンドに続けてスレッドIDを使用します。
KILL 115;
これにより、対応するスレッドの接続が終了します。