私はここ数週間、似たようなものに苦しんでいます。数分前にそれを理解しました。
- mysqlワークベンチで、新しいサーバーインスタンスを作成します。
- リモートホストアドレスには、エンドポイントアドレス（例：xxxxxx.us-east-1.rds.amazonaws.com）を入力します
- 接続方法については、「標準TCP /IPoverSSH」を選択してください
- SSHホスト名はEC2インスタンスのパブリックDNSです
- ユーザー名としてec2-user（EC2インスタンスタイプによって異なると思います）を指定し、インスタンスが使用していたキーペアに対応するダウンロード済みのキーファイルを指定しました。
- mysqlホスト名は、RDSインスタンスのエンドポイントです。
- ユーザー名は、RDSインスタンス（つまり、ebroot）のユーザー名です
それを使って接続することができました。ただし、セットアップではVPCを使用しませんでした。お役に立てれば。頑張ってください！