SpringデータJPAは1つの複合キーのみが自動インクリメントの問題です

JPA @Id データベースのPK列と一致する必要はありません。それがユニークである限り、それが重要です。

https://en.wikibooks.org/wiki/Java_Persistence/Identity_and_Sequencing から ：

自動インクリメント列は一意であることが保証されているため、@IDとしてgender_keyを使用するだけです。 通常の列としてIDをマップします。

@Entity
@Table(name = "employee")
public class employee {

   @Id
   @GeneratedValue(strategy = GenerationType.IDENTITY) 
   private int genderKey;

   @Column
   private int id;

}

正直なところ、あなたのスキーマは紛らわしいと思います。

また、以下を読むことをお勧めします：

https://www.javatpoint.com/java-naming-conventions