あなたはいくつかの異なる質問をしています...
- Javaを使用してWebサイトを作成するにはどうすればよいですか？
JavaでWebサイトを作成する最も簡単な方法は、JSPを使用することです。 JSPはJavaServerPagesの略で、動的なページ作成のためにJavaコードファイルにHTMLを埋め込むことができます。 JSPをコンパイルして提供するには、サーブレットコンテナが必要です。サーブレットコンテナは、基本的にJavaクラスを実行するWebサーバーです。最も人気のある基本サーブレットコンテナはTomcatと呼ばれ、ApacheSoftwareFoundationによって無料で提供されています。 cletusが提供したチュートリアルに従ってください
Tomcatを起動して実行し、JSPのデプロイ方法の基本を理解したら、独自のJSPの作成を開始することをお勧めします。私は常にIBMdeveloperWorksチュートリアルが好きです。彼らには、JSPチュートリアルここ があります。 それは大丈夫に見えます（少し古いですが）。
Java Web開発にはJSPよりもはるかに多くのものがあることがわかりますが、これらのチュートリアルは正しい方向に進むことができます。
- PHPとJava
これはかなり主観的な質問です。 PHPとJavaは単なるツールであり、悪いプログラマーの手には、どのツールも役に立たない。 PHPとJavaには両方とも長所と短所があり、それらの説明はおそらくこの投稿の範囲外です。すでにJavaを知っているなら、Javaを使い続けてください。
- ファイルI/OとMySQL
MySQLは、多数の同時ユーザーを処理するように設計されているため、Webアプリケーションに適しています。ただし、Javaは、Javaのデータベース接続フレームワークであるJDBCを介して、PHPと同じくらい簡単にMySQLを使用できることを知っておく必要があります。